En 1990 existía en Nicaragua una zona franca con un área de 37,730 mts2 de techo industrial, de ellos 29,440mts2 estaban ocupados por 5 empresas estatales con 900 empleados y 8,290mts2 ocupados por el Sistema Penitenciario Nacional y las Fuerzas Aéreas de Nicaragua.
En el año 1992 bajo los Decretos, Números 46-91 y el 31-92 y sus Reglamentos que conforman el Marco Legal de las Zonas Francas Industriales de Exportación (ZFIE) en Nicaragua, se inició el proceso de desarrollo de zonas francas como fuente de generación de empleos y divisas en el país, lo que permitió aumentar nuestras exportaciones y fortalecer nuestro comercio exterior.
Una vez promulgada la Ley de Zonas Francas se crea la Corporación de Zonas Francas (CZF) como empresa administradora y dueña de las Zonas Francas Estatales, y la Comisión Nacional de Zonas Francas (CNZF) como órgano rector del Régimen de Zonas Francas Industriales de Exportación de propiedad privada y estatal en materias de otorgar permisos de operación, controlar, sancionar y legislar conforme los cambios que se dan en Centro América.
En un principio, cuando se re-inició el proceso de desarrollo de zonas francas de exportación en Nicaragua (1992), la única infraestructura existente y construida para tales fines era la Zona Franca Industrial "Las Mercedes". En ese contexto, la empresa privada Nicaragüense aún estaba golpeada por los acontecimientos políticos-económicos, y no estaba en la capacidad para invertir en condiciones consideradas como demasiado inciertas. Estas causas entre otras, permitieron que el estado fuera el único Operador en esta actividad que ampliara sus infraestructuras a las dimensiones alcanzadas actualmente.
En 1998 se crean las Zonas Francas Administradas(ZOFAS) Decreto 18-98 mediante el cual las ZOFAS serán extensiones territoriales de una Zona Franca y modalidad de operación mediante la cual previa aprobación de la CNZF, una empresa operadora, extiende sus servicios a otras áreas geográficas cuyos límites, ubicación ,extensión, y linderos deberán estar señalados en dicha aprobación.
En la actualidad la CZF administra la Zonas Francas de "Las Mercedes" y "La Zona Franca de Nindiri" cuyo giro consiste básicamente en Construir naves industriales y la correspondiente infraestructura para conceder a los inversionistas Servicios de Renta de Edificios para Plantas industriales.